由于现在农资市场规范不强，常常出现假冒伪劣农资，农资消费者找不到生产者，也使正规生产者的名誉受损。在这种形式下，能够产生规模化、集约化的农资连锁经营模式顺势而生。农资代理商通过连锁经营的模式，依靠其独有的优势给农资营销主体带来了巨大的效益，为农资市场秩序的规范建立开创了新的局面。但是这种模式转变也导致绝大部分企业或经销商出现了很多致命的问题和隐患。具体如下：
    一是相当的农资企业或经销商根本不知连锁经营为何物，有的单纯的认为设计个形象，挂个门头就已是连锁经营。链而不锁，“挂羊头，卖狗肉”这种现象在农资行业中十分盛行，认识肤浅，严重缺乏了长期持续经营的理念。
    二是缺乏比较明确的战略规划方案：是进入批发环节，还是步入零售的领域;只搞加盟，还是进入直营连锁;农资连锁的赢利模式是什么，是为了销售本公司产品，还是先为打造商业平台。已进行的农资连锁经营的相当于是摸着石在头过河，走到那里算那里，钱花光了就关门。
    三是管理模式、管理手段等十分缺乏。连锁经营实行涉计人、财、物，店铺区域分散，销售战线长，在人、财、物、信息管理等多方面对农资企业都提出了很高的要求，必须有全新的管理模式和现代化的管理工具与手段。严格意义讲，连锁经营的成功是管理工具的成功。
    四是农资加盟商里面管理的精细化不足，农资连锁经营要将农资销售与农业技术推广服务紧密地结合起来。农资连锁店的人员培训、激励与绩效管理，产品、库存、资金、客户、信息等管理对连锁企业又是一巨大门槛与挑战。
    农资连锁经营是一种全新的经营方式和组织形式，在推进过程中难免会遇到曲折和困难，但只要找出问题的症结，加以解决，必定会使连锁经营的独特优势发挥出来。

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