原则上讲，农资加盟的各种职能应当协调地紧密配合，以实现该农资加盟市场的总体目标。然而，实际上企业各部门之间的关系却常常以激烈的竞争和严重的误解为特点。这些矛盾，有些是针对什么才是企业最大的利益问题上持不同的意见而引起的，有的是由于对农资加盟部门利益与公司利益间权衡抉择所引起的，还有一些矛盾，不幸地是由于部门间的老框框和一些偏见所造成的。
    在典型的组织体系里面，各部门都必须通过自己的活动和决策来满足顾客的需要。按照市场的一些营销的观念，所有农资招商行业都需要“考虑顾客”和为满足顾客需要和期望而工作。营销部门是乐于承担这一责任并发挥自己的作用的。主管营销的经理是有两大任务的：（1）在对于顾客需求为导向的获得更深刻的基础上，协调整个公司的农资招商营销活动；（2）与主管财务、生产等的经理协调农资加盟行业的活动及关系。
    然而，对于农资招商营销部门究竟是否应该比其他部门更多地拥有影响和权威，才能有效的保证营销活动协调一致，很少有一致意见。一般来说，农资代理营销经理必须依靠说服，而不是靠权力来进行工作。或许，对于公司的农资代理营销部门来说，最佳的方案是定期地在公司内部和其他职能部门开展直接的对话会议，这样能让各部门更好的来了解对方，从而加强合作。即使职能部门之间出现相互包容或是埋怨的，这类会议也能够澄清事情和增加部门间的理解，为建设性的农资代理打下基础。
    许多公司都已经开始认识到，它们并非是真正农资代理市场和顾客的驱动，它们是产品和销售的驱动，有些公司，如通用汽车、壳牌和巴克斯特，正努力重组它们自己成为真正的农资代理市场驱动公司。采纳这种农资加盟经营理念的公司的盈利能力是显著的，但任务并不简单，它不仅仅像首席执行官所发表演说激励每一个员工“考虑顾客”那么简单。这个变化将要求农资加盟体现自工作和部门定义、责任、刺激和关系中。
    虽然在竞争激烈的经济中，公司以顾客为导向是必要的，但光有这点是不够的。农资招商行业还必须具有创新能力。目前，农资招商行业学习对方的优点和战略的现象越来越多。当公司变得越来越来相似的时候，公司的收益同时也在下降。对于公司来说解决的唯一办法就是，农资代理必须具有在制定战略时的创新和想像能力。这种能力的来源是公司的整合工具、业务流程、技术和方法，这些都能让公司所产生的比竞争者更富新意的创新。